Czas rzymski był dla Michalika także okresem szczególnego zacieśniania więzi z Janem Pawłem II. Arcybiskup do dziś żartobliwie mówi, że papież był tą osobą w jego życiu, która najczęściej zapraszała go na obiady czy kolacje. - Traktuję to jako wielką łaskę, że mogłem obcować ze świętym człowiekiem - mówi.

Pytany o to, jakby określił swoją relację z Janem Pawłem II, odpowiada bez namysłu: - Był dla mnie jak ojciec. Dla mnie jest to relacja niezrozumiała, która wynikła przecież przez przypadek. Tłumaczę to sobie tak, że wielcy ludzie potrafią zauważyć małych. Ta wielkość, dobroć, szlachetność potrzebuje uzupełnienia przez zaprzeczenie. I ja to tak odbieram. On się nie bał być sobą. Nie bał się ludzi małych, grzesznych, pogubionych, słabych, intelektualnie mniej sprawnych, niedorównujących cnotą Temu, któremu on służył. Tak to widzę.

- To rzeczywiście były bardzo bliskie, wręcz ojcowskie relacje - potwierdza siostra Oktawiana. - Między nimi nie było żadnego dystansu, łączyło ich naprawdę coś bardzo bliskiego. Papież w stosunku do niego zawsze pozwalał sobie na jakiś żart. Pamiętam doskonale, jak w naszym domu Ojciec Święty jadł kolację wydaną na jego cześć z okazji dwudziestej rocznicy pontyfikatu. Michalik był już wtedy biskupem. Jan Paweł II wszedł do refektarza i wyciągając palec w jego kierunku zawołał: „To wszystko przez niego” - opowiada.

Dość wspomnieć, że Jan Paweł II czterokrotnie w czasie swojego pontyfikatu odwiedził Kolegium Polskie - trzy razy, gdy domem tym kierował Józef Michalik.

- Jak chodziliśmy do Watykanu na wspólne kolędowanie, to zawsze z papieżem dowcipkował. Wiele osób z pewnym zgorszeniem patrzyło na tę ich poufałość, ale oni nic sobie z tego nie robili - mówi ks. Flisikowski. Wśród księży studiujących wówczas w Rzymie do dziś opowiadana jest historia, gdy Jan Paweł II zaprosił ich na pierwsze spotkanie z okazji Bożego Narodzenia do Watykanu, 6 grudnia 1978 roku. Uczestniczyli w nim także mieszkańcy Instytutu Polskiego, gdzie rektorem był ksiądz infułat Franciszek Mączyński - podobnie jak były rektor Kolegium, również on był w przeszłości więźniem Dachau. Po kilku minutach wspólnego śpiewania z papieżem rektor Mączyński zaczął się niecierpliwić i zbierać do wyjścia. Tłumaczył księżom, że nie można Ojcu Świętemu zabierać cennego czasu. Tymczasem papież nie spoglądał na zegarek, tylko chciał śpiewać dalej. W pewnej chwili mrugnął porozumiewawczo do Michalika i gdy do końca dobiegał śpiew kolędy Oj Maluśki, Maluśki..., zaczął wyśpiewywać kolejne samodzielnie wymyślone zwrotki. Jedna z nich brzmiała: „Jeśli się to śpiewanie znudziło komu, to niech wstaje, nogi za pas zabiera i idzie do domu, a nam da spokój”.

- To prawda. Michalik z papieżem mieli wypracowany swego rodzaju metajęzyk - dodaje prof. Grygiel. - Rozumieli się bez słów. Wystarczyło spojrzenie, jakiś uśmiech, grymas twarzy i od razu wiedzieli o co chodzi. Ale to, że Michalik chwytał i w lot pojmował to co chciał mu powiedzieć Jan Paweł II, to jest owoc tego, że on tak samo jak papież jest człowiekiem głębokiej wiary. To ułatwia porozumienie.

Prof. Guzmán: - Papież traktował go jak syna. Wiele razy byłem świadkiem, jak przytulał go do siebie i targał mu włosy, właśnie jak synowi. Podejrzewam, że Dziwisz był o to trochę zazdrosny. Ksiądz Mroczkowski: - Jan Paweł II zawsze mówił do niego pieszczotliwie „Józiu”. Był jego ukochanym synem. Czuło się ten synowsko-ojcowski stosunek, ale nikt tego chyba nie zazdrościł. To było bardzo naturalne i szczere.

Kardynał Cordes: Papież liczył się z jego zdaniem. Cenił go wysoko. Dr Wanda Półtawska dodaje, że o ile papiescy goście zazwyczaj przy wspólnym stole zasypywali papieża lawiną słów, opowiadając głównie o sobie, o tyle Michalik zazwyczaj milczał. - On przychodził do Jana Pawła II słuchać. Przy nim to papież mógł się wygadać - wspomina przyjaciółka papieża.

- U niego rzeczywiście było tak, że każdy, kto przychodził, dawał mu swoje jabłko. Tymczasem ja chciałem skosztować jego jabłka, czerpać z jego sadu. Kiedyś powiedziałem mu w żartach, że jak umrze, to świat straci dużo mądrości, nie usłyszy wielu ważnych i mądrych słów - mówi Michalik. - Jan Paweł II popatrzył na mnie poważnie i powiedział: „Co chcesz wiedzieć? Pytaj”. Był otwarty jak dziecko. To pytałem, o różne rzeczy. O teologię, filozofię, o sytuację w świecie, poszczególne kraje, różne nawet drobne rzeczy. To się nigdy nie ukazywało w prasie. Mnie po prostu chodziło o niego samego, by on mógł coś powiedzieć. Byłem ciekawy jego osoby. Interesował mnie jako człowiek, jego wnętrze, jego duchowość, jego kryteria, droga życiowa. On sam też pytał - o swoje przemówienia, encykliki, adhortacje, listy. Mówiłem, co myślę. Czasem się zgadzał, czasem mruczał. Ale nigdy się nie obrażał. To przecież była wymiana myśli. Michalik nigdy nie pojawiał się u papieża z pustymi rękami. Zawsze przynosił jakąś rzecz do podpisania. Raz było to wspólne zdjęcie, innym razem papieska encyklika czy książka. Pomijając jakiekolwiek procedury, prosił o autograf, i za każdym razem go dostawał. Czasem zżymał się na to papieski sekretarz ks. Stanisław Dziwisz, który tłumaczył, że o podpis winien zwracać się przez Sekretariat Stanu. Ale kiedy Michalik nic do podpisania nie przyniósł, sam papież z rozbawieniem pytał: „Jak to, dziś nie masz nic do podpisania?”. - Odpowiadałem mu wtedy, że przy okazji nadrobię - wspomina ze śmiechem Michalik. - Po co to robiłem? Od początku wiedziałem, że to jest święty człowiek, że jak ja to kiedyś zostawię w Kolegium czy później w seminarium, to będzie to miało aspekt wychowawczy.